Rayón decidió regresar a su ambiente natural, el Bajío así que se movilizo rumbo a Zacatecas, perseguido y con la ciudad ocupada por los realistas Rayón se enfrentó a sus persecutores y los derrotó.
Solos en el desierto, las tropas de Rayón se vieron en la necesidad de tomar sus propios orines para sobrevivir.
Llegados al Bajío, Rayón avisó a los jefes insurgentes para reunirse y crear una Junta de Gobierno con lo que dieron un aspecto legal a la Insurgencia en la figura de la Junta de Zitácuaro.
Rayón es el foco que mantuvo encendida la llama de la Independencia después de la muerte de Hidalgo y esperando el momento de Morelos.